食物多樣化數百種細菌生活在我們的腸道中，每個物種扮演不同的角色，需要不同的養份才能生長，每種腸道細菌對您的健康都有不同的影響，健康的腸道菌群被認為是腸道細菌物種譜最廣的腸道微生物組，這是因為在你的消化系統較為種細菌，越高，其健康的好處 。
確保腸道菌群的多樣性的最佳手段是多樣化的飲食，包括許多不同的類型的食物越好，而且我們還食用許多富含脂肪和糖的食物，全世界食用的食物中有75%僅來自12種植物和5種動物，在一些農村地區，人們的飲食種類更多，植物資源也更多，大量的研究表明，人們在非洲和南美洲的農村地區有了更多樣化的腸道菌群比歐洲人或美國人，食用多樣化的飲食，富含天然的非工業食品，可促進腸道菌群的多樣性，這對您的健康至關重要 。
山莓 。
青豆 。
西蘭花 。
扁豆 。
豆 。
全谷物食品 。
一項研究發現，富含水果和蔬菜的飲食可以防止腸道中病塬菌的過度生長，進一步的研究表明，蘋果，藍莓，杏仁和開心果使用在人體消化道，增加雙歧桿菌雙歧桿菌的健康細菌量，雙歧桿菌被認為是有益細菌，因為它們可預防腸道炎癥并改善腸道整體健康，水果和蔬菜是纖維的豐富來源，可作為腸道細菌的食物，并促進包括雙歧桿菌在內的消化道中健康細菌的生長 。
酸奶 。
泡菜 。
酸菜 。
康普茶 。
這些食物大多數都是乳酸菌的豐富來源，而乳酸菌是一種健康的腸道細菌，食用大量 酸奶的人不僅在腸道中有更多的乳酸菌，而且腸道細菌的數量也更少，而腸道細菌與炎癥和許多慢性疾病有關，一些研究表明，酸奶的使用調節腸道菌群，減輕的表現乳糖不耐癥的嬰兒和成年人，一些酸奶產品還可以減少大腸激躁癥患者的有害細菌數量 。
兩項研究證實，酸奶可以改善腸道微生物組的功能和組成，重要的是要注意，商店出售的大多數酸奶都含有大量的碳水化合物，在健康方面，最好的是純天然酸奶，僅通過將酸奶細菌培養物添加到純牛奶中來生產，發酵豆漿還促進了健康細菌的生長，同時減少了壞病塬細菌的數量，泡菜也影響腸道微生物群落，發酵食品尤其是天然酸奶，可改善腸道菌群的功能，因為它們支持健康細菌的生長，并且反過來可防止腸道中病塬性細菌的生長 。
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限制人造甜味劑的使用人造甜味劑通常用作糖替代品，一些研究表明，它們可能會對腸道微生物組的健康產生不利影響，給予人造甜味劑的大鼠腸道中也有更多的腸桿菌，這可能導致更嚴重的疾病，另一項研究在小鼠和人類中產生了相似的結果，已經表明，人造糖對血糖水平具有反常的負面影響，因為腸道中的細菌會將其分解為有害物質，人造甜味劑對腸道菌群的質量有負面影響，因此會對血糖水平產生負面影響 。
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吃益生元食品益生元是支持腸道健康微生物生長的食品，這些主要是人類細胞無法消化的纖維和支鏈碳水化合物，生活在我們腸道中的細菌難以消化的纖維和復雜的碳水化合物可以分解并從中獲取進一步生長繁殖所需的能量，益生元可以在各種不同類型的水果和蔬菜中找到，例如在全谷物產品中也可以找到，但是您也可以在藥房購買它們作為膳食補充劑 。
已經顯示出所謂的抗性淀粉也是非常好的益生菌，這種類型的淀粉不會在小腸中吸收，而是自由地進入大腸，并在此被腸道菌群分解，它的豐富來源是例如豆類或生馬鈴薯，許多研究表明，益生元可以促進有益細菌的生長，包括雙歧桿菌 。
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