藥物治療首選成人為喹諾酮類藥物，常用諾氟沙星、氧氟沙星，如果病重無法口服，可以改用靜脈滴注使用抗生素 。兒童、妊娠和哺乳期患者不建議使用，可以選用第三代頭孢菌素作為替代 。其他藥物如磺胺類有復方磺胺甲惡唑 ， 小檗堿有減少腸道分泌的作用，可以與抗菌藥同時使用 。
對癥處理包括止瀉和退熱治療，止瀉藥物包括阿托品、哌替啶、可待因、嗎啡、鹽酸洛哌丁胺，對伴高熱、毒血癥、粘液膿血便患者和嬰幼兒不能使用止瀉劑 。
【急性細菌性痢疾吃什么藥好得快】急性細菌性痢疾首先要進行消化道隔離，直至癥狀消失以及大便連續培養兩次陰性 。毒血癥狀嚴重者，應該臥床休息 ， 飲食以流質和半流質為宜，忌食多油多渣或者有刺激性食物 。
