如果太子確實未落入清廷手中，那么隨李自成西行之后 ， 太子的下落究竟如何呢？由于此后的歷史記載中再也沒有說明 ， 所以 ， 從吳三桂營中出逃的太子的去向就成了明末清初的一大議論熱點 。《明季太略·太子一案》中說，太子后來被人帶到皇姑寺藏了起來，又和太監高起一起潛逃到天津，然后像傳言中的建文帝一樣 ， 出海南下，不知所終 。
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《野史無文》則記載太子曾逃往南京的南明小朝廷，清兵攻陷南京后，他被人獻出后被帶往北方，不知所終，有的說是被殺了 。還有的說，明末清初兵荒馬亂的 ， 太子后來死于亂軍之中 。但這些說法均無證據證實 。就像前面提到，單是崇禎太子遇害于清朝刑部的說法，就有很多版本，所以太子的下落始終是個謎團 。
到了南明小朝廷弘光朝時，發生了王之明假冒太子一案，引起全國轟動，使得本已撲朔迷離的太子下落一事更加錯綜復雜 。根據鄒流綺的記載 ， 弘光朝時的一天，有個官員突然秘密奏報 ， 說有人發現太子在浙江出現 。之后此人就被帶到南京辨認真假，找了一些熟悉太子的人在朝堂之上進行了一番對證，結果發現 ， 這個人對于太子曾經歷過的重大事件一無所知 。
最后 ， 經過反復的審問，這個人才承認是高陽人王之明，是假冒的太子 。假太子案引發了馬士英與黃得功、左良玉、何騰蛟等人之間的爭權奪利，加速了明王朝殘存勢力內部的分裂 。清康熙時期有人借崇禎太子之名舉行反清起義，牽連并死了很多人，結果也被證實是假的 。
后來，隨著清朝統治的鞏固 ， 有關崇禎太子下落的討論就成了一個禁區 ， 而且隨著時間的推移 ， 人們更加難以作出定論 ， 這一話題漸漸沉寂了下去 。直到辛亥革命后 ， 民國建立，沒有了政治的壓力，有關明末崇禎太子的下落在廣東梅縣地區又成為了人們談論的一個話題 。原來，長期以來，在這一地區都流傳著這樣一個故事，說在明亡以后，嘉應州（今梅縣地區）的陰那山靈光寺有一個和尚十分特別，他的法號是“”（音huR），死后一直被當地人供奉為“太子菩薩” 。
有人認為這就是當年下落不明的崇禎太子 。經過學者考證，他是被擔任過太子侍讀的李士淳帶到了這一地區的 。李士淳在明末也被李自成起義軍所俘獲，與太子在一起，并且李士淳受到了起義軍的很好的待遇，并未被關起來，是很有可能助太子逃出去的 。當地的《嘉應州志》、《程鄉里志》、李士淳本人所編的《陰那山志》及一些民間傳說都可以證明，李士淳確曾被李自成俘虜，而且被封過官 。根據這一說法，太子最終出家為僧，可以很明顯地看到受建文帝下落的影響 。
【明朝崇禎太子下落之謎：崇禎太子的傳奇故事！】總起來說，崇禎太子的下落已經成為一個千古之謎，之所以會出現這么多不同的說法，如同建文帝的下落之謎一樣，在某種程度上是明末清初對恢復明王朝正統統治心存幻想的士子文人們的一種希望 。
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