典型苯丙酮尿癥是一種少見的先天性的遺傳性疾病，發病原因主要有以下幾種情況：
【典型苯丙酮尿癥的發病原因是】一、絕大部分患者都是由于編碼苯丙氨酸羥化酶的基因發生突變所引起，導致苯丙氨酸羥化酶異常，出現苯丙酮尿癥 。
二、少部分患者是由于苯丙氨酸濃度升高 ， 是由于四氫生物蝶呤代謝基因缺陷所導致 。這種基因異常主要原因是父母致病基因遺傳，也有少部分患者是自身基因突變所導致 。
苯丙酮尿癥患者，大多數患者父母外表雖然都是正常表現 ， 但是都有一個致病基因 ， 患者分別遺傳父母一個致病基因，成為攜帶兩個不同突變的復合攜帶者，就會有發病 。
