結構化程序設計缺點有：
1、難以適應大型軟件的設計：在大型多文件軟件系統中，隨著數據量的增大，由于數據與數據處理相對獨立，程序變得越來越難以理解，文件之間的數據溝通也變得困難，還容易產生意想不到“副作用” 。
2、程序可重用性差：結構化程序設計方法不具備建立“軟件部件”的工具，即使是面對老問題，數據類型的變化或處理方法的改變都必將導致重新設計 。這種額外開銷與可重用性相左，稱為“重復投入” 。【結構化系統開發方法的缺點 結構化程序設計缺點】
這些由結構化程序設計的特點所導致的缺陷，其本身無法克服！而越來越多的大型程序設計又要求必須克服它們，這最終導致了“面向對象”設計方法的產生 。
結構化程序設計由迪克斯特拉(E.W.dijkstra)在1969年提出，是以模塊化設計為中心，將待開發的軟件系統劃分為若干個相互獨立的模塊，這樣使完成每一個模塊的工作變單純而明確，為設計一些較大的軟件打下了良好的基礎 。由于模塊相互獨立，因此在設計其中一個模塊時，不會受到其它模塊的牽連，因而可將原來較為復雜的問題化簡為一系列簡單模塊的設計 。模塊的獨立性還為擴充已有的系統、建立新系統帶來了不少的方便，因為我們可以充分利用現有的模塊作積木式的擴展 。
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