水中二氧化碳的主要來源是從水生動植物的呼吸作用和有機物分解而產生，其含量變化與氧氣相反，它是白天少而夜間多 。
二氧化碳溶在水中，能使水中氫離子濃度增加，使水的pH值降低呈酸性 。二氧化碳過多，對魚有毒害作用，一般二氧化碳超過60毫克／升時，魚呼吸困難，超過200毫克／升時，便昏迷而死 。在自然情況下，池塘中二氧化碳一般不易達到使魚類麻痹致死的濃度 。這種情況在用密封塑料袋進行長途運輸時則有可能發生 。
【游離二氧化碳對養殖魚類的影響大嗎 游離二氧化碳對養殖魚類的影響】另一方面，游離二氧化碳過多，所形成的游離碳酸使水中的酸度增加，如水的緩沖能力不夠，則能使水的pH值降至很低的程度，影響魚類和其他水生生物的生存 。
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