之后葛洪任將兵都尉一職加入軍隊，因為同石冰的農民起義軍作戰有戰功，被封為伏波將軍 。在幾經戰亂，去留兩難之際，嵇含請他做參軍，葛洪認為這是可以避亂的機會就答應嵇含了，不想嵇含被他的仇人郭勵殺死了，于是被被迫留在廣州好幾年，感到世事無常，榮華富貴都是過眼云煙 。于是對鮑靚師以禮相待，繼續學習道術，因為受到鮑靚的器重，還把女兒鮑姑嫁給他了 。
在建興二年葛洪就回到家鄉隱居深山從事《抱樸子》的創作 。兩年后，東晉開國，因為記得葛洪的功勞，特地賜封葛洪為關內侯 。很多人想叫葛洪出仕做官，葛洪都推辭了 。后來因為生活所迫，就出來做參軍，葛洪聽說交趾出產丹砂，在經過皇上同意后，南行赴任，在途經廣州受鄧岳推薦，就此隱居羅浮山，修行煉丹，著書講學 。
葛洪煉丹
中國的煉丹術興起于秦漢時期，古代方士和社會流行的陰陽五行思想的結合，就成了煉丹術發展的思想源泉 。葛洪是晉朝的一代名醫，他對煉丹極其推崇，他認為服用植物做成的要只能讓人延年益壽，但是無法成仙 。只有服用“金丹”和黃金才能讓人不老不死 。
葛洪應當算是早期的化學家了，他們把一些礦物放在密封的鼎里，用火來燒，美其名曰是煉丹 。礦物在高溫高壓喜愛就會產生化學反應，產生新的物質 。當然，長生不老的仙丹只是古代貴族們的幻想 。葛洪有煉出密陀僧(氧化鉛)、三仙丹(氧化汞)等外用藥物的原料 。他在煉制水銀的時候發現化學的反應是可逆的，在丹砂(硫化汞)加熱時可以煉出水銀，但是水銀和硫磺的再次結合又能變成丹砂 。
在葛洪撰寫的書中還記載了雌黃和雄黃在加熱升華后會有成為結晶的現象 。除此之外，葛洪的煉丹還做出了許多治療疾病的簡單藥物和方劑，有些藥劑在如今已經被證實是特效藥 。比如像松節油可以治療關節炎，銅青(碳酸銅)可以用來治療皮膚病，雄黃、艾葉可以消毒，密陀僧(氧化鉛)可以防腐等等 。因為銅青能一直細菌的生長繁殖，所以可以治療皮膚病 。雄黃中的砷有較強的殺菌作用所以能用來消毒 。密陀僧有殺毒滅菌的作用可以用來做防腐劑 。作為一個煉丹師，葛洪煉丹發現這些藥物的作用，對我國醫學上做出了非常大的貢獻 。
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