17世紀，準噶爾（蒙古的一支）叛亂，并攻打外蒙古 。1697年，清軍擊敗了準噶爾，控制了新疆東部 。雍正皇帝時，貴州東南部新辟疆土亦稱新疆 。當時，西域新疆和云南、四川、貴州等地新納入清王朝統治之下的地域 ， 統稱“新疆六廳” 。
1884年（光緒十年），清政府發布新疆建省上諭，設立新疆省，由巡撫統管全疆各項軍政事務，在新疆實行與中國內地一樣的行政制度 。劉錦棠被任命為首任新疆巡撫，新疆政治中心由伊犁移至迪化（今烏魯木齊） 。
【中國清朝時期的新疆是怎樣的】1892年，俄國強占了中國清朝新疆西南薩雷闊勒嶺以西2萬多平方公里的領土（見沙俄侵占帕米爾事件） 。清朝對新疆的經營 ， 無論是規模和范圍皆遠勝從前歷代，社會經濟得到前所未有的進步和發展 。至1909年（宣統元年），新疆省下轄4道，道以下共隸有6府、10廳、3州、21個縣或分縣 。
