支氣管鏡的副作用太大了一般是可能會造成誤吸，同時也可能導致聲門部位受損等，建議患者在進行支氣管鏡檢查后注意短時間內避免進水進食，以免影響咽喉部位正常吞咽功能 。
由于做支氣管鏡檢查時可能會對咽喉部位注射麻醉藥物 ， 此時由于咽喉正常吞咽功能異常，患者可能會出現誤吸的情況 ， 有時還會伴有胃食管反流，進而導致肺部感染 。同時當支氣管鏡觸碰到咽喉部位時 ， 可能會引發患者嗆咳，此時聲門部位受損的概率較高 ， 情況嚴重時還可能會導致支氣管腔出血 。
進行支氣管鏡檢查時由于需要使用麻醉藥物，建議患者檢查完畢后短時間內斷食斷水 ， 以免嗆咳而影響咽喉部正常吞咽功能 。
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