如果說建房人分層出售，且賣方有產權證，合同是有效的 。但是獨立的房產證應該沒辦法辦 。如果遇到拆遷，征收部門只能與產權證上登記的所有人簽補償協議 。具體內容協商書寫即可 。
法律依據：
《住房公積金管理條例》第二十六條規定
自建房公積金貸款條件如下：
一、能提供建造自住住房的有關證明材料;
二、具有所建造自住住房工程款的30%以上的自有資金 。
申請人申請住房公積金貸款的，應當提供擔保 。
一般情況下，房屋要交易或者是出售都必須有兩證，即使是農村自建房，都是要有房地產證和個人土地使用證 。
【自建房可以分層過戶嗎】還需要訂立書面買賣合同，并且辦理審批 ， 過戶等手續，房屋買賣合同需要由相關的職能部門審批，并且辦理宅基地證或者是集體土地使用證的過戶更名手續，到房產管理部門依法辦理房產證的過戶更名手續 。
