苯丙酮尿癥需要與以下疾病相鑒別，
一，是暫時性高苯丙氨酸血癥 ， 此病見于新生兒或早產兒，可能是苯丙氨酸羥化酶成熟延遲所導致，生后數月苯丙氨酸可以逐漸恢復正常 。
二 ， 是四氫生物蝶呤缺乏癥 ， 又稱為非經典苯丙酮尿癥 。但是由于PAH輔助因子BH4缺乏所導致，患兒除了有典型的苯丙酮尿癥表現外 ， 神經系統表現較為突出，如肌張力異常，不自主運動，癲癇 ， 陣發性角弓反張，驚厥發作等等 。該病的發生率占苯丙酮尿癥10%左右 ， 診斷主要依據HTLC測定尿蝶呤譜 。
【什么是苯丙酮尿癥的鑒別診斷】苯丙酮尿癥患者主要發生在兒童，根據患兒出現智能落后，頭發由黑變黃 ， 特殊體位和血苯丙氨酸升高可以進行本病的確診 。苯丙酮尿癥應力求早診斷，早治療，以避免神經系統損傷 。
