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易致肝腎受損很多抗生素都是通過肝臟和腎臟代謝的，在其代謝過程中已經對肝、腎器官產生損害 ， 而孩子體內的各種器官尚未發育成熟，更容易遭到抗生素的殘害或潛在的殘害，首當其沖就是肝、腎兩個器官 。另外，慶大霉素、丁胺卡那等容易造成兒童耳聾，環丙沙星等對孩子軟骨有潛在損害，氯霉素則可導致骨髓抑制和兒童灰色綜合征 。
造成二重感染如果在病毒感染早期，大量應用抗生素也可使體內菌群失調，有利于病毒繁殖，出現抗生素相關性腹瀉，加重患兒病情；還會增加小孩對藥物的過敏反應，導致小孩二重感染、真菌感染以及濕疹、哮喘等疾病 。
過早用抗生素會增加幼兒患哮喘風險許多研究證實 ， 新生兒期和嬰兒期應用抗生素可導致腸道菌群的改變，增加哮喘的發病風險 。2011年1月，挪威科技大學公布的一份研究報告說，如果孩子在胎兒時期接觸過抗生素，或者在出生后不久接受過抗生素治療 ， 那么他們日后患哮喘的風險可能增加 。孩子過早接觸抗生素有可能造成其腸道有益菌群被破壞 ， 導致形成“不成熟”的免疫系統，引發過敏反應，從而提高患哮喘的風險 。
出現耐藥性【抗生素對兒童的危害 兒童濫用抗生素的9大危害】大量使用抗生素無疑是對致病菌抗藥能力的“鍛煉”，在絕大多數普通細菌被殺滅的同時，原先并不占優勢的具有抗藥性的致病菌卻存留了下來 ， 并大量繁衍 。而且由于藥物長期刺激 ， 使一部分致病菌產生變異、成為耐藥菌株 。如果細菌出現耐藥性，一旦生?。?就會用更多的抗生素對抗致病菌，致病菌為了抵抗抗生素就會加速基因變異 。
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