明代衛所制有以下缺點：
1、衛所制度是一種軍事組織形式 。明太祖朱元璋的構想是恢復古代兵農合一之制，這實際上已經違反了自唐末以來兵農分離 ， 軍事專業化的大趨勢，但是在明初國家戰亂不休，急需軍事人員物資的情況下 ， 衛所制最大程度的調動了人員和物資 。朱元璋曾說吾養兵百萬，不費百姓一粒米 ， 只是一種美好的愿望，實際上 ， 士兵糧餉短缺的情況一再出現 ， 與朱元璋的的設想形成鮮明對比 。
2、軍籍和民籍之分使得士兵無法落戶 。這一缺點造成了社會問題，而且世代為兵成為了一種沉重的負擔 。勾軍和清軍使得各地之人疲于奔命 ， 路途上耗費了大量的生活物資，后來楊士奇上疏希望將兵源與戍地重新劃分 ， 以省民力 。
【明代衛所制有什么缺點】3、將不識兵 ， 兵不識將 。為了防止武人形成私人勢力，尤其是與地方勢力的結合，所以明代的衛所也借鑒了西魏、北周、隋、唐的府兵制 。結果造成了明代軍事征伐中的配合與協調很難歸于前線統帥 。
