急性腸炎在需要抗感染治療的基礎上，應用腸黏膜保護劑和吸附劑、微生物制劑會效果好 。急性腸炎的藥物治療包括：
一、腸黏膜保護劑和吸附劑：蒙脫石散有吸附腸道毒素和保護腸黏膜的作用，已被證實在急性腹瀉中能夠縮短腹瀉病程 ， 降低腹瀉頻率 。
二、抗感染治療：大多數不需要抗感染治療 ， 尤其是病毒引起的急性腸炎 ， 應用抗生素反而會使病程延長，但在有痢疾樣腹瀉、疑似霍亂合并重度脫水、有免疫缺陷的情況存在、或出現發熱、粘液膿血便、持續的致賀菌、沙門菌、彎曲菌感染或原蟲感染、發生在老年人、免疫功能低下者、敗血癥或有假體的患者需要考慮抗生素治療 。常用的抗生素有喹諾酮類，如諾氟沙星、環丙沙星、左氧氟沙星等 ， 對大部分細菌性急性胃腸炎效果較好 。
三、微生物制劑：腸道益生菌組成的特殊活性微生物制劑對人體健康有益，適用于治療腹瀉病，尤其是對病毒感染導致的水樣腹瀉具有顯著療效 。
【急性腸炎一般吃什么藥效果好】四、止瀉劑：可應用于無侵襲性腹瀉癥狀的輕、中度旅行者腹瀉 。
