元符三年(1100)，宋哲宗病逝，宋徽宗即位，舊黨在向太后的支持下重新抬頭，孟氏被接回皇宮，恢復皇后名號 。因劉氏已被封為元符皇后，為了加以區別，孟氏被稱作元祐皇后 。不料，次年向太后病逝，繼而又發生了元祐黨人事件，宋徽宗任用新黨，貶謫舊黨，失去了向太后這座靠山的孟氏再受牽連 。崇寧元年(1102)十月，孟氏二度被廢，重回瑤華宮，名號改為“希微元通知和妙靜仙師” 。
之后的二十五年，孟氏一直在瑤華宮過著清苦的日子，雖然慘淡，倒也平靜 。然而，靖康元年(1126)的一場大火，卻將瑤華宮化為灰燼，孟氏只好遷居延寧宮 。不久，延寧宮又發生火災，孟氏不得不搬到位于大相國寺附近的弟弟家中居住 。靖康二年(1127)，宋欽宗聞悉孟氏的遭遇，便和近臣商量，想再次把孟氏接回皇宮，重新尊為元祐皇后 。
然而，詔令還沒有發出去，金兵就攻陷了汴京 。金兵在金太宗的授意下，決定對大宋采取最惡毒的手段，即將整個大宋皇室全部擄往金國，企圖徹底滅亡大宋 。為此，金兵在漢奸的指認下，將京城內外所有皇室成員統統抓捕 。孟氏被廢為庶人，甚至被人們遺忘多年，因此幸運地逃過此劫，不僅避免了被金人俘虜北去、客死他鄉的災難，而且在以后的歲月里享受了至高無上的榮耀 。塞翁失馬，焉知非福，孟氏在“靖康之難”中得以幸免，就是很好的詮釋 。
【北宋亡國后妃被劫掠一空 只有一人得以幸免】金人撤回北方后，張邦昌建立偽楚政權 。由于人心思宋，且孟氏在內，趙構擁兵在外，宋王朝的大旗并未完全倒下 。為了給自己留條后路，張邦昌一面將孟氏接入皇宮，尊為宋太后，“政事當取后旨”，一面派人將傳國玉璽送到趙構手中 。不久，張邦昌又尊孟氏為元祐皇后，讓她垂簾聽政 。
五月一日，趙構在應天府(今河南商丘)稱帝，建立南宋，孟氏于當天撤簾還政，趙構尊她為元祐太后，后又改為隆祐太后 。建炎三年(1129)三月，在杭州剛站穩腳跟的趙構遭遇了一次兵變，被迫退位 。亂軍頭目要求趙構“禪位元子(按：趙構之子趙旉)，太后垂簾聽政” 。孟氏不諳政治，不知所措，但迫于形勢，只能硬著頭皮對叛軍曲意撫慰 。不久，在韓世忠等人的支援下，叛軍潰敗，孟氏久懸的心這才放了下來 。
趙構重登皇位后，孟氏再次撤簾，趙構尊孟氏為皇太后 。不久，金兵大舉南侵，趙構逃往東南濱海，孟氏逃往西南洪州(今南昌) 。孟氏好不容易熬過驚心動魄的兵變，又踏上了顛簸流離的路程 。金人退兵后，趙構想念孟氏，派人四處探訪，最后將她接到越州(今紹興) 。從此，孟氏算是安定下來 。從靖康之難到趙構即位，孟皇后的存在，在一定程度上減少了從北宋到南宋過渡時期的政治動蕩 。沒有孟氏，趙構不可能當上皇帝;沒有孟氏，趙構也不容易再度掌權 。
鑒于孟氏在國家兩度危難之時起到的不可替代的作用，趙構對孟氏非常孝順，“雖帷帳皆親視;或得時果，必先獻太后，然后敢嘗” 。長期淪為庶人的遭遇，使孟氏養成了生活節儉的習慣，以她當時的地位 。
完全可以隨意支取錢帛，但她每月只肯領一千生活費，能夠度日即可 。孟氏喜歡喝越酒，趙構認為越酒酸苦不好喝，可以讓外地進貢好酒，而孟氏卻自己派人拿錢去買，孟氏的品行大抵如此 。
紹興元年(1131)春，孟氏患風疾，趙構悉心伺候不離左右，接連數日衣不解帶，“帝旦暮不離左右，衣弗解帶者連夕” 。四月，孟氏病死，享年五十九歲，她的靈牌不僅放在宋哲宗祀室，還位列劉皇后之上，“附神主于哲宗室，位在昭懷皇后上” 。后來，趙構將孟氏改謚昭慈圣獻皇后 。
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